Henri Milne-Edwards est membre de l’Association scientifique de France et en devient le président.

L’Association scientifique de France est fondée en 1864 par Le Verrier.
Parallèlement, il existait une autre association, l’Association française pour l'avancement des sciences, fondée en 1872 par Claude Bernard, Paul Broca, Charles Combes, Alfred Cornu, Charles Delaunay, Charles Friedel, Armand de Quatrefages, Charles Adolphe Wurtz.
Vers 1884 l’idée de fusion des deux sociétés, qui s’était déjà manifestée en 1872, prend corps. Henri Milne-Edwards, alors président de l’Association scientifique de France, se montre favorable à un rapprochement. Une commission, composée de membres des deux sociétés, établit les bases d’un accord et en 1886 les deux associations fusionnent pour devenir l’Association française pour l'avancement des sciences fusionnée avec l'Association scientifique de France.

Henri Milne-Edwards publie dans la Revue Scientifique de la France et de l’étranger (2 février 1878) : « Les origines de l’Association Scientifique de France ».