Au début de l’année 1842, Auguste Duméril, cherchant à obtenir un revenu fixe pour pouvoir épouser sa cousine Eugénie Duméril, envisage de « remplacer Doyère du collège Henri IV ».

Louis Michel François Doyère enseigne l'histoire naturelle au collège Henri IV à Paris (il publie des Leçons d'histoire naturelle, d'après le nouveau programme... du 4 septembre 1840), puis au lycée Bonaparte. Il occupe la chaire de zoologie appliquée à l'agriculture à l'Institut agronomique de Versailles, de 1850 à 1852, puis celle d'histoire naturelle à l'École centrale des arts et manufactures. A la fin des années 1840, Doyère étudie une méthode de conservation des grains par l'ensilage qu’il fait connaître par des publications et qui est adoptée par les administrations de la guerre et de la marine et de grands cultivateurs.