Ami d’Auguste Duméril, Joseph Auguste Fabre soutient sa thèse de médecine le 17 août 1835 (Du catarrhe vésical). Son père habite Lille et fait partie des relations de l’oncle d’Auguste ; il meurt à Paris le 17 juillet 1842.

En 1844, Joseph Auguste Fabre est nommé professeur d'hygiène et de médecine légale à l'hôpital militaire d'instruction de Lille (installé depuis 1783 dans l'ancien couvent des Jésuites). Il épouse en 1845 Alexandra van Blarenberghe, fille d’un entreposeur des tabacs à Lille ; leur fille Elisabeth naît l’année suivante. La famille van Blarenberghe compte une dynastie d’artistes peintres. En 1846, en compagnie d’autres personnes de la famille, Joseph Auguste Fabre vient accueillir, au débarcadère des chemins de fer, son ami Auguste Duméril qui entame un voyage en Belgique. Durant ce séjour lillois, sont mentionnées diverses visites dans les familles Fabre et van Blarenberghe. C’est à Joseph Auguste Fabre qu’Auguste adresse une lettre en forme de récit de voyage qui résume son périple sur les bords du Rhin (1846). Le 2 janvier 1858, Joseph Auguste Fabre, atteint d'une péritonite, meurt subitement.