Berger adresse un mémoire à André Marie Constant Duméril (lettre du 23 avril 1828) qui est publié la même année dans les Mémoires du Muséum (vol. IV), intitulé : « Expériences et remarques sur quelques animaux qui s'engourdissent pendant la saison froide ».

Genevois et élève du docteur Louis Odier (1748-1817), il vient à Paris en 1802 pour étudier sous la direction de Daniel Delaroche. Il se lie d’amitié avec son fils François Etienne et voyage avec lui en compagnie d’André Jurine, également genevois venu à Paris passer son doctorat de médecine, en Normandie et en Picardie (le récit de ces voyages est publié en 1807). Berger soutient sa thèse de médecine en 1805 : « Essai physiologique sur la cause de l’asphyxie par submersion ». Duméril fait partie du jury. Après son doctorat, il aide François Etienne Delaroche dans ses recherches sur la chaleur animale.

Entre 1808 et 1813, Berger voyage en Angleterre pour des recherches géologiques. Vers 1814, il manifeste des signes d’un sérieux désordre mental (dépression, maladie de la persécution, hallucinations). Ses amis et collègues s’efforcent de lui porter secours, mais il sombre dans la folie et meurt dans un asile.

Son cas a intéressé l’histoire de la psychiatrie :

C.W.P. MacArthur : « Un savant genevois inconnu : le docteur Jean François Berger (1779-1833), alpiniste, géologue, physiologiste, naturaliste », Société d’histoire et d’archéologie de Genève, 1987, pp. 149-223.

C.W.P. MacArthur et Roy Porter, « An erroneaous bias : the mental illness of Jean François Berger », History of Psychiatry, 1996, 7, pp. 397-424.

C.W.P. MacArthur, « Un précurseur de Claude Bernard : Jean-François Berger de Genève (1779-1833) », Histoire des sciences médicales, XX, 1986, pp. 49-53.