Dans sa lettre du 14 septembre 1834, André Marie Constant Duméril mentionne le nom de Wagler. Né à Nuremberg, Johann Georg Wagler fait ses études à l'université d'Erlangen où il obtient un titre de docteur en 1820. Il participe aux travaux de l'Académie Bavaroise des Sciences de Munich et en devient secrétaire en 1819. Il collabore avec Johann Baptist von Spix et Carl Friedrich Philipp von Martius pour l'organisation et le classement la collection qu'ils ont rapportée du Brésil. Il s'occupe plus particulièrement des serpents et fait paraître, à partir des notes de Spix, Serpentum Brasiliensium en 1824. Il devient le directeur du musée zoologique de l'université de Munich après la mort de Spix en 1826. En 1827, il obtient une chaire dans cette même université. Il compte Louis Agassiz parmi ses élèves.

Il fait paraître Natürliches System der Amphibien en 1830, puis Monographia Psittacorum en 1832 dans lequel il décrit l'ara bleu. Une série de 36 planches, colorées à la main, paraissent en partie posthumément entre 1828 et 1833, dans Descriptiones et Icones Amphibiorum.

Wagler meurt d’un accident de chasse à 32 ans.