Médecin en chef de la colonie de Saint-Domingue, Bally est témoin de l’épidémie de typhus qui décime l'armée française en 1802 et 1803. Il observe ensuite d’autres épidémies en Espagne au cours de différentes missions menées de Barcelone à Cadix. Lors de ces périples, il se peut qu’il ait croisé la route d’André Marie Constant Duméril qui le mentionne dans une lettre envoyée de Madrid en août 1805. il publie en 1823 une Histoire médicale de la fièvre jaune, observée en Espagne et particulièrement en Catalogne, dans l’année 1821.