André Marie Constant Duméril cite Hallé parmi ses professeurs à l’École de Santé en 1795 ; il enseigne la physique médicale et l’hygiène.

Devenu docteur en médecine en 1770, Hallé enseigne également à la Sorbonne et au Collège de France (1794) ; d’abord professeur adjoint, puis, en remplacement de Corvisart, professeur (1805). Il étudie la pharmacopée, en particulier les effets du camphre, et l’hygiène ; il est l’un des promoteur de la vaccination. Il est membre de la Société Philomathique (1793). C’est lui qui défend Antoine Lavoisier (1743-1794) lors de son procès devant la Convention. Corvisart le choisit comme médecin ordinaire de Napoléon. Hallé est membre de l’Institut (section médicale et chirurgie) depuis sa fondation (1795) et il préside l’Académie des sciences en 1813. Il collabore (avec Boyer, Chaussier et Corvisart) à la revue de la Société médicale d’émulation (1809). André Marie Constant Duméril prononce à sa mort un discours, qui est publié (Discours prononcé sur la tombe de M. Hallé, par M. J.-J. Leroux, suivi de celui de M. Duméril, impr. de Didot le jeune, In-4°, 16 p.).