Les écoles centrales sont créées en 1795 dans chaque département pour remplacer les collèges des facultés des arts des anciennes universités. Elles accueillent les garçons à partir de 12 ans et l’enseignement est divisé en trois sections. La seconde section, à partir de 14 ans, est purement scientifique (mathématiques, physique et chimie expérimentales). Chaque école centrale dispose d'une bibliothèque publique, d'un jardin, d'un cabinet d'histoire naturelle et d'un cabinet de sciences expérimentales.

Les professeurs sont choisis par un « jury d'instruction ». Leur traitement fixe est celui d'un administrateur de département mais ils touchent une part de la rétribution scolaire payée par les familles à raison de 25 livres par an maximum.

À Paris, trois écoles sont établies : l'école centrale du Panthéon (futur lycée Henri IV), l'école centrale des Quatre-Nations, l'école centrale de la rue Antoine (futur lycée Charlemagne). Georges Cuvier est nommé professeur d'histoire naturelle à l’école centrale du Panthéon.

L’enseignement des écoles centrales est bientôt jugé trop ouvert et imprégné de l’idéal révolutionnaire. La loi du 11 floréal an X (1er mai 1802) les supprime et les remplace, pour les plus importantes, par des lycées entretenus par l'État.